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Molecular characterization of the nearly complete nuclear ribosomal DNA sequence of the Neotropical freshwater copepod Arctodiaptomus dorsalis (Marsh, 1907) (Copepoda, Calanoida, Diaptomidae)

In: Crustaceana
Authors:
S. K. P. Guinto The Graduate School, University of Santo Tomas, Manila, Philippines

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https://orcid.org/0000-0002-0202-5960
,
R. J. Machida Biodiversity Research Centre, Academia Sinica, Taipei, Taiwan

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https://orcid.org/0000-0003-1687-4709
, and
R. D. S. Papa Research Center for Natural and Applied Sciences, University of Santo Tomas, Manila, Philippines
Department of Biological Sciences, College of Science, University of Santo Tomas, Manila, Philippines

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https://orcid.org/0000-0003-0146-2525
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Abstract

Arctodiaptomus dorsalis has been reported in the Philippines as an invasive species, which originated from Central America. Apart from its wide distribution in the United States and Central America, it is now widely distributed in many lakes in the Philippine islands, such as Luzon Island and southwestern Mindanao, making it an ideal specimen for studies on population dynamics and population genetics. Recently, new techniques have been emerging as important zooplankton monitoring tools, such as metabarcoding and the use of environmental DNA/environmental RNA. However, these would only be useful if good-quality reference DNA sequences are available before utilizing these techniques. This study sequenced the nearly complete nuclear ribosomal DNA (nrDNA) of A. dorsalis from 202 individuals from Lake Taal, Batangas. The total length was 5887 bp, which includes the partial 18S sequences, and the complete 5.8S, ITS and 28S sequences with an organization that is typical for any eukaryotic organism. This is the first record of a nearly complete nrDNA sequence for freshwater calanoid copepods and is considered an important stepping stone for further molecular studies in freshwater Copepoda.

Résumé

Arctodiaptomus dorsalis a été signalé dans les Philippines comme une espèce invasive, originaire d’Amérique centrale. En dehors de sa large distribution aux Etats-Unis et en Amérique centrale, il est maintenant largement rependu dans de nombreux lacs des îles de Philippines, comme dans l’île de Luçon et le sud-ouest de Mindanao, ce qui en fait un spécimen idéal pour des études de dynamique et de génétique des populations. Récemment de nouvelles techniques pouvant servir d’outils de surveillance du zooplancton sont apparues, comme le metabarcoding et l’utilisation des ADN et ARN environnementaux. Cependant, ceux ci ne seront efficaces que si des séquences ADN de référence de bonne qualité sont disponibles avant l’utilisation des ces techniques. Ce travail a séquencé presque complètement l’ADN ribosomal nucléaire (nrDNA) de A. dorsalis à partir de 202 individus du lac Taal, Batangas. La longueur totale est de 5887 pb, elle comprend les séquences 18S partielles, et les séquences 5,8S, ITS, et 28S complètes, avec une organisation typique des organismes eucaryotes. C’est la première description d’une séquence d’ADNrn presque complète pour un copépode calanoide d’eau douce, et peut être considérée comme une étape importante pour les futures études moléculaires chez les Copépodes d’eau douce.

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